כיאה לרכב משפחתי, אין זה מפתיע שאאודי A3 משקיעה רבות במערך הבטיחות. אי לכך ניתן למצוא כ6 כריות אוויר שמפוזרות באופן הבא: 2 כריות קדמיות שומרות על הנהג מפגיעה חזיתית, בעוד ש2 כריות נוספות שומרות מפני פגיעה צדדית. כמו כן, לאורך הרכב מצויות 2 כריות נוספות שמעניקות הגנה היקפית גם עבור הנוסעים שמאחור. לצד 6 כריות אוויר, נמצא מערכת בקרת שיוט אדפטיבית, אם כי רק ברמת האבזור Sharp. מערכת זו מאפשרת לקבוע מהירות מרבית ואף מרחק שאותו מבקשים לשמור מהרכב שנמצא מלפנים, כך שגם אם יתרחשו אירועים לא צפויים, הרכב ישייט בבטחה.
מערכת נוספת שנחשבת מאוד חשובה, היא מערכת Active Lane Assist. מערכת זו מונעת סטייה לא רצויה מהנתיב, וזאת באמצעות ניטור של מצלמה צדדית שבעת זיהוי של סטייה שולחת איתות לנוסע, ואף במקרים קיצוניים היא יודעת להחזיר את הרכב בחזרה לנתיב, כאשר הנהג זוכה לקבוע עד כמה הוא מבקש שהמערכת תהיה מעורבת בעת הנהיגה.
כפי שציינו, אאודי A3 משקיעה רבות בבטיחות, ועל כן היא אינה מוותרת גם על המערכת הבאה: Audi Pre Sense Front. במה מדובר? ובכן מערכת זו מנטרת את מצב הכביש לאורך כל הנסיעה, ואין זה כלל משנה עבורה אם מדובר במהירות איטית או במהירות מרבית, וזאת כי היא יודעת להתריע ובעת הצורך גם להיכנס לפעולה – להוביל לבלימה מלאה ובטוחה.